Formé aux études théâtrales aux universités de PARIS 3 et de PARIS 8 (avec Georges Banu, Anne Françoise Benhamou, Claude Régy...), puis à l’école d’acteurs de la Comédie de Reims, dirigée par Christian Schiaretti (promotion 1997), Fabien Joubert a été parallèlement assistant metteur en scène et acteur dans les spectacles de José Renault : L’atelier d’Alberto Giacometti de Jean Genet, La Nuit des Rois de William Shakespeare, Sang et Eau d’Enzo Corman.
En 1998, Christian Schiaretti l’engage dans la troupe des “Comédiens de la Comédie”. Sous sa direction il joue des textes d’Alain Badiou, Jean-Pierre Siméon, Pierre Corneille, Johannes Von Saaz, Bertolt Brecht, Federico Garcia-Lorca, Pedro Calderon de la Barca...
Ensuite, il joue dans une vingtaine de spectacles avec des compagnies indépendantes, notamment sous la direction de Rémy Barché, David Girondin-Moab, Marine Mane, Jean-Philippe Vidal, Serge Added, Claudia Stavisky…
Il met en scène des textes de Bernard-Marie Koltès, Svetlana Alexiévitch, Hanif Kureishi et Marcel Proust.
Il coécrit et codirige deux moyen-métrages : Le théâtre et ses fantômes et After L.
En 2011, Fabien Joubert crée le collectif d’acteurs O’Brother Company. Dans ce cadre, il initie, produit et joue dans une dizaine de spectacles mis en scène par Dorian Rossel, Laurent Bazin, Patrice Thibaud et Jean-Michel Guérin, Léo Cohen-Paperman, Cécile Arthus.
Il conçoit en 2018 « le Service public de lecture », et avec Rémy Barché « La cabane aux histoires ».
Parallèlement à la O’Brother Company, il poursuit sa carrière de comédien. En 2019, il interprète Vania dans Oncle Vania de Tchekhov mis en scène par Olivier Chapelet et joue dans Le Baptême de Laurent Bazin. En 2021, il joue dans Gens du pays de Marc-Antoine Cyr mis en scène Laurent Crovella et en 2022, il joue dans Des Châteaux qui brûlent d’Arno Bertina mis en scène Anne-Laure Liégeois.